Когда речь идет о проблемах со ссылками http (вместо https) в карте сайта Branched Sitemap, то стоит иметь ввиду, что ссылки формируются системным методом. То есть, если в карте сайта ссылки идут БЕЗ https, значит и в целом на сайте они тоже формируются БЕЗ https.
На сайтах зачастую настраивают редиректы на https версию (в .htaccess или nginx.conf). Соответственно, пользователь с обычной ссылки http, перенаправляется на ссылку с https незаметно для себя. Однако, если смотреть в исходный код страниц, видно, что на страницах сайта ссылки идут тоже с незащищенным протоколом. См на картинку: в строке запроса написан адрес сайта с https, а в коде странице нет.
1. Необходимо включить в настройках системы. В менюшке пройти в Система -> Настройки -> {выбрать нужный магазин}
Затем во вкладке "Сервер" найти блок с заголовком "Безопасность". Выбрать опцию "Использовать SSL"
2. Указать ссылки с https в конфигурационных файлах: